Ada tiga metode untuk pemrograman peralatan mesin CNC: pemrograman manual, pemrograman otomatis, dan pusat permesinan CAD/CAM.
Pemrograman Manual: Ini melibatkan analisis manual gambar bagian, teknik pemrosesan, melakukan perhitungan numerik, menulis daftar program, dan memasukkan serta memverifikasi program. Cocok untuk pemesinan titik-ke-titik atau komponen dengan geometri yang relatif sederhana; namun, hal ini sangat memakan waktu-dan rentan terhadap kesalahan saat memprogram bagian yang rumit.
Pemrograman Otomatis: Ini melibatkan penggunaan komputer atau mesin pemrograman untuk menyelesaikan proses pembuatan program bagian. Sangat nyaman untuk bagian yang rumit.
CAD/CAM: Ini menggunakan perangkat lunak CAD/CAM untuk mencapai pemrograman otomatis berdasarkan pemodelan dan gambar. Perangkat lunak yang paling umum adalah MasterCAM, yang dapat memprogram operasi penggilingan menggunakan sistem koordinat dua-sumbu, tiga-sumbu, empat-sumbu, dan lima-sumbu, serta EDM belokan dan kabel. Meskipun perangkat lunak jenis ini memiliki fungsionalitas terbatas, perangkat lunak ini mudah dipelajari dan relatif murah.
